此役准噶尔汗国彻底灭亡，然而任谁也没有想到的是北疆的烽烟刚刚熄灭，南疆的战火便接踵燃起，而导致这场叛乱的罪魁祸首正是大小和卓兄弟。那么“和卓”究竟是什么意思？大小和卓又何以掀起如此巨大的风浪呢？kkk大手笔网—中国第一文化门户网站
其实故事还要从此前盘踞在南疆的叶尔羌汗国说起，叶尔羌汗国是存在于明末至清初的新疆，因统治中心位于南疆叶尔羌（今莎车县）而得名。
从地域格局上看，叶尔羌汗国与准噶尔汗国隔天山南北对峙，尽管叶尔羌占据着广阔的塔里木盆地，但由于塔克拉玛干沙漠的存在，其主要势力范围被限制在沿沙漠边缘分布的众多绿洲上，因而实力较为分散。
叶尔羌汗国内部素有白山派和黑山派之分，至明代中期黑山派逐渐取得叶尔羌王室的信任和支持，白山派由此遭到驱逐和流放。不论白山派还是黑山派，均宣称自己是穆罕默德女儿的后裔，在现实生活中以“圣裔”的身份被称为“和卓”。
尽管两派相互敌对，但号召力却不相上下。白山派流亡至准噶尔汗国后向噶尔丹寻求庇护，后者遂以此借口出兵叶尔羌，在1680年推翻叶尔羌汗国在南疆的统治后，噶尔丹反手将黑山派与白山派的“和卓”们一起抓到了伊犁关押。
在漫无天日的囚禁生活中一代代“和卓”被幽禁致死，直到乾隆派来的远征大军攻陷伊犁并彻底铲平准噶尔汗国。此时被关押的白山派首领已经传至波罗尼都和霍集占两兄弟，因此波罗尼都被称为“大和卓”，而霍集占被称为“小和卓”。
大小和卓主动向清军投诚，并提议用自己的号召力帮助清军平定南疆，然而清军将此二人护送至南疆后才赫然发现是“放虎归山”。
大小和卓随即举兵反叛，并试图恢复其在南疆的传统势力，不过已经下定决心将天山南北收归版图的乾隆皇帝并不愿意看到这样的结果。在深入分析形势之后，朝廷果断派出远征军前往征剿，于是历时两年的平叛战争拉开帷幕。
实事求是地说，由于路途遥远、水土不服，清军打得异常艰苦，将领兆惠和阿里衮多次身犯险境并险些客死异乡。不过在朝廷的坚定决心下，清军最终还是打赢了这场战争，和卓兄弟兵败西逃。
后来在清朝的军事压力下，本来试图收留大小和卓的巴达克山部落转而将大小和卓擒杀，首级辗转送入清军大营，南疆之乱就此平定。平息大小和卓叛乱一直是乾隆甚为得意的一桩成就，但更重要的是国家因此而得到统一，西域也由“故土新归”之意取名“新疆”。
